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　　“喂，小孩，小心草丛!”这个声音的主人是奥基德博士。

　　正当少年红要独自出村，博士叫住了他，并告知草丛里气息着野生的。除非上边带着自己的精灵，不然会很危险，将少年带到了他的研究所。

　　故事就这么拉开了序幕,玩家所扮演的角色就是名叫红/绿/蓝的少年(当然你也可以自己取名字),住在马萨拉村。肯随着博士到达研究所，同时业余上了博士的孙子，另以为名字叫红/绿/蓝的少年(当然也可以自己取名字，就起你的情敌的名字吧)博士让你在他所拥有的三只精灵中任选一只相赠(三只精灵分别为：小火龙、杰尼龟、和妙蛙种子，均能有两次进化)，选个你喜欢的吧。挑好后，蛋蛋也选了一只，并向我提出挑战。作为开盘战，不是很难，就当先试试战斗系统吧。而后他离开，但这只是开场白，以后他有的烦你了。

　　辞别了博士，可以离村了。果然如博士所言，草丛里确实藏有不少怪物，好好练一下级吧。很快便来到了永恒村，在Shop里，从店主手里得到邮件。连忙赶回研究所将它交给博士，于是指令中多出一项图鉴，这意味着可以开始着手收集精灵的工作了。顺便再去一趟邻居家，拿到小镇地图，可以正式出发了。

　　一路向北行进，一间大屋挡住了去路，只有通过常青森林才能找到出路。在森林里会首次遇上怪物教练这种身份的人，而与之交战是监视大多数怪物的重要手段，所以千万不要错过。

　　我走出了森林，发现已来到了尼维村。村里建有一座博物馆，只要花50元就可以进去大开眼界一番。另外我还发现有一间物资标有GYM的记号，推门而入才知道这个世界的八位首领之一就住在这里。打败了他，还得到34号机器以示鼓励。在雕像出发现了对手的签名，才知道他已先到一步，并且也打败了首领。此时村右的道路可以通行了，来到欧基米山脚下。洞门口有一间POKE内会遇上一个卖鲤鱼王的，虽然以后可以通过其他方法得到，但人养的要比野生的长得快，但要多花500元，这是传说中的鲤鱼王，当前素质极差，攻击力不过10，但至20级后进化为暴鲤龙，攻击力非常强。

　　到了洞内，一面战斗，一面前进，虽然有点累，但收获不小。途中所得各宝物中有一名为月之石，能使某些精灵立即进化。在打败这里的首领后，他让我从他身后两块古代物种化石中选一块(以后有大用处，妥善保管哦)。出了山洞(注意：皮卡丘版的在出洞之前要和突然出现的火箭队火拼一场，赢了才能出去)，便是宝蓝村。不出所料，第二位首领在此，上门去好好请教一番吧。村子里开有一间自行车商店，不过绝对是买不起的(以后可以免费获得)。

　　正要过村北的桥时，遇到了久违的对手，不免又要打一番。幸好我级数比他高，仍然取胜。过桥后来到海角的小屋，见到了变成怪物模样的正木。交谈中得知他已造好一架机器来使他恢复人形。答应帮助他后，正木走进那台机器，而我去操纵桌上的主控电脑。一阵嘈音过后，正木成功地恢复人形走了出来。为表感谢，他送给我一张船票，回到宝蓝村，发现右面屋门口的警卫让开了路，进去瞧瞧。屋内一片狼籍。询问了主人后得知有一人来捣乱，而后又打破了墙逃走了。我立刻追上去，果然在屋后发现一个形迹可疑的人(火箭队的)，未谈几句就露出真面目，我毫不客气地狠扁了他一顿，还从他身上搜出了28号机器。

　　一路往南看到了两间屋子，不过通往隶棠村的路已被封锁，先走地道吧。穿过隧道，再经过一大片草地，到达枯叶村。村里某尖屋内可得到兑换卷，立刻回到宝蓝村，向自行车店老板出示，就会得到一部崭新的自行车，这样走路就快多了。而村里另一间屋内则会得到钓竿，作用不用多说了吧，使用的方法就是对着水域使用道具“钓竿”拉。 村里有一个港口，这下子船票可以派上大用了。出示船票后来到一条豪华的游船上。船舱内的旅客有相当数量是怪物教练，小心应付(别忘了多买点药)。在船长室门前的通道内再次遇到对手，战斗结束后再去找船长。耐心听完他一番话后，他很高兴的把他珍藏已久的01号秘传机器(剪切)给我我。离开船上岸，船起航了。将此宝物装备上，便拥有了间切能力(作用：毁树开路，使用方法：调出精灵指令，在所装备的怪物处便会出现此指令)。还记得村里有间Boss屋吗?现在可以进去了。

　　由于拥有间切能力，可以去的地方很多。但我还是决定先去村右的山洞。穿过山洞发现有一小屋，若目前怪物拥有种类已达10种，便可以从屋内人处得到05号密传机器(能力：闪光，作用：发出耀眼的光芒。照量山洞)。再次回到宝蓝村，往右出村，一路经过9号，10号地区来到岩间隧道。洞内一片漆黑，那就来点光吧。使用闪光，果然是一片光明，找出口吧。所幸洞内并无首领，略费周折就出来了。

　　到了美丽的锡安村。村民们为悼念亡灵建造了一座口袋妖怪塔。我从一村民口中得知富士失踪了，于是决定去找他。考虑一番之后，我认为那座塔有很大的嫌疑。在塔的2楼得知要使塔内的幽灵现出原形，只有依靠西尔夫之铲的力量。但这个宝物在哪儿呢?看来不会在这个村里。我从西面出村，在8号地区发现了另一条地道，并且通往玉虫村。沿地道到达该村，在游戏中心的柜台旁找到一名精灵教练。打败他，他会逃往楼上。调查墙上的那幅画，发现是个隐藏的机关，开动后出现了一条通往2楼的阶梯。拾阶而上，在某层打败一位怪物教练后再仔细盘问，他会乖乖地交出一把电梯钥匙。来到电梯内，选择目的地4楼，而后打败门卫，(注意：皮卡丘版的在这里会遇到火箭队，不过就他们的怪物对我来说只是小菜一碟)就见到了首领神。一番较量，勇夺西尔夫之铲，赶快回锡安村救富士吧。

　　再次进入口袋妖怪塔，这下幽灵都露出了原形。在五楼通往六楼的阶梯旁遇上一个30级的幽灵，不过也一样被我痛打，嘻嘻，给你个窍门，用超能系的招式打幽灵特别管用。在塔顶找到了失踪的富士，一起回到他家中，同样有贵重物品相赠。这次是口袋妖怪之笛，有经验的朋友应该猜到了作何用处。还记得锡安村南的水上栈道吗?那儿有一只贪睡的卡比兽躺在地上挡住去路，用笛子去吹醒它。这下它醒了，可也生气了，免不了乱斗一阵。之后在路上的一小屋内又得到一支神奇的钓竿，比以前那把好用多了。

　　一路来到石竹村，第5位首领在此“恭候”多时了。他的手下都是些好玩水晶球、故作神秘的变态。另外在BOSS屋内有一个看不见的结界，我只有沿紧靠右墙的路从他背后绕过去才能与之交战。如果你拥有的精灵数量已达50种，则可去村口外屋内二楼，会得到一宝物学习装置，作用则是多得一些经验值，具体情况玩家可自己研究。

　　下一个目的地是玉虫村，左上角屋内可得02号秘传机器，只有鸟类能装备(作用：瞬间移动至曾去过得村庄的PC门前)。要玩游戏中心的老虎机，就得先去一趟酒吧，从一酒鬼那儿拿一只用来盛硬币的口袋，再去游戏中心柜台处购入硬币就可以玩了。(先在游戏中心里仔细的搜索一下，和每个人说说话，可以省下你不少钱的哦)而中心隔壁屋内可凭所持硬币换取相应道具或精灵。去村里的SHOP中，一直上到顶楼，货架上共陈列三样道具(都是很好喝的汽水哦)可以分别与屋内的人换取三种不同的机器，但要记得多买一个第一种的汽水备用(给精灵也是很好的药哦)。

　　往右出村，将汽水交给警卫，这下他就放行了(贪污?)，于是我来到隶棠村。村里有一座高11层的大厦，在3楼会得到钥匙卡，可以打开那些门。再次与对手、神交手，之后与屋内人交谈，可得到魔球(只要抛出去，就能抓到精灵)。出了大厦，BOSS屋门前已无人阻挡，这下又有仗打了。村里还有另一间BOSS屋，不过是假冒的，若有兴趣打败里面的首领，可从两个精灵中任选一个。

　　来到石竹村，去村上方狩猎区(必须进入)，花500块钱买入30个狩猎球去狩猎吧。这里的怪物都不错，值得一提的是水池里的迷你龙，别看现在弱，待两次进化后包管你大吃一惊，绝对值得培养。(攻击力最高)还有不少其他怪物，是别处绝对没有的，用心捕捉。对了，捕捉时共4项指令其中有喂饵，有石头砸，对不同怪物必须采取不同手段才能顺利捕捉(我的方法是不管三七二十一，直接扔狩猎球)。在狩猎区内先找到一副金假牙(十分有用)，出来后把它交给POKE右侧屋内的人，他很感激地把04号秘传机器交给我(能力：蛮力;作用：力量爆发推动巨石;装备：兽类)，并让我再去找狩猎区财宝屋内的人。只好再花500块，找到后会得到03号秘传机器(能力：乘浪;作用：下水;装备：水生类)，这下又有新地方可去了。

　　从村南下水，一直游到孪生岛，穿过岛上山洞。洞内机关须用精灵能力推动岩石，使之落到最下层，等到2块都落下并阻住水流，就可以出洞了。另外洞内还有一头急冻鸟，动一番脑筋争取得到它!再次下水，游至绿村，第七位BOSS就在此。村内的研究所，可将以前获得的化石或琥珀通过一系列高科技技术提取细胞培育出史前怪物，其中化石培育出的可进化。BOSS屋有锁把关，先去屋左的楼内找钥匙。那些雕像是用来控制门的开关的，反复摆弄，终于到手了秘密钥匙，可以进BOSS屋了。打败BOSS卡拉，沿上方水路回到了我的家。

　　现在该去哪儿了呢?对了，就是永恒村。还记得吗?早就发现了的BOSS屋，但始终就是不让进，现在总可以了吧。又是神!不过这次他及其属下的实力确有提高，不可掉以轻心。打败后别忘了再次交谈，而后他就……消失了?!

　　至此，我们已经打败了全部八位首领，但还不算完。向西北方的影子村走，路上会遇上对手。但他现在已不是我的对手了，轻松解决，嘻嘻。

　　到达宫殿后，向各卫兵依次亮出自己苦心战斗才获得的各枚勋章之后来到迷宫内。机关同样要推动岩石压住才行，而仔细寻找会发现一头火焰鸟，终于到达影子村，这儿可购物、休息、很照顾玩家吧!在补充道具后，上路拉。

　　进入屋后门内，这儿是第一道关卡。天啊，才第一个就这么厉害了。如果你没有50级以上的实力，就关机重来吧，好好练级，等到实力大增，再去挑战，经过连续四道关卡后，就要和蛋蛋进行最后一场冠军争夺战了。经过一阵天昏地暗的拼杀，终于打败了对手的65级恐怖妖怪。这时博士赶来，宣布我成为了新的冠军，之后就是大结局。