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从1978年恢复研究生招生到1981年的学位制度建立至今，南京医科大学研究生院的研究生教育和全国的研究生教育一样经历了四个阶段：

1、1978年～1981年为恢复时期。

2、1982年～1987年为发展和改革时期

3、1988年～1990年为治理整顿和调整时期

4、1991年～2006年为大发展时期

目前获得了七个一级学科硕士学位授权点，三个一级学科博士学位授权点，使博士学位授权点复盖了所有的医学学科。